1981~1998

  • 1981. 07. 01. 인천직할시 보건연구소 설치
  • 1987. 12. 31. 보건연구소 조직확대 (1계 5과 → 1과 2부 5과)
  • 1991. 05. 14. 보건환경연구원으로 개칭 및 조직확대 (1과 2부 8과)
  • 1993. 08. 05. 보건환경연구원 산하로 가축위생시험소 통합
  • 1997. 01. 09. "해양조사실" 직제 신설
  • 1998. 09. 18. 보건환경연구원 직제 개편, 농축산물분석과 및 가축위생시험소 서무계 폐지, "해양조사실" 명칭변경 - 해양조사과

2003~2007

  • 2003. 04. 07. 보건환경연구원 직제 개편, "공단환경과" 직제 신설, "폐기물분석과" 명칭변경 - 토양환경과
  • 2005. 02. 01. 보건환경연구원 직제 개편, "공단환경과" 명칭변경 - 산업폐수과
  • 2005. 07. 25. 보건환경연구원 직제 개편, "질병조사과" 직제신설
  • 2006. 02. 13. 보건환경연구원 직제 개편, "농산물검사소" 직제신설
  • 2007. 01. 29. 보건환경연구원 직제 개편, "생활환경과" 직제신설

2013~2021 

  • 2013. 01. 08. 보건환경연구원 직제 개편, "강화방역지원과" 직제신설, "가축질병방역과" 명칭변경 - 방역관리과
  • 2013. 12. 12. 보건환경연구원 직제 개편, "환경연구부"를 "환경연구부"와 "환경평가부"로 분리
  • 2015. 01. 01. 보건환경연구원 조직개편으로 보건연구부 농산물 검사소를 삼산농산물검사소,구월농산물검사소로 분리 증설, 환경연구부 기후변화과 및 가축질병방역부 정밀검사과 신설
  • 2017. 02. 06. 보건환경연구원 직제 개편, "보건연구부"를 "질병연구부"와"식약연구부"로 분리, "가축질병방역부"를 "동물위생시험소"로 명칭변경."보건연구부 미생물과에서 질병연구부 감염병진단과"로 명칭변경
  • 2017. 02. 06. 보건환경연구원 조직개편 "환경연구부"를 "대기환경연구부"로, "환경평가부" 를 "물환경연구부"로 명칭변경, "환경평가부 대기보전과에서 대기환경연구부 대기보전과"로 변경, "환경연구부 해양조사과에서 물환경연구부 해양조사과" 로 변경.
  • 2019. 02. 01. 보건환경연구원 직제 개편, "대기환경연구부"에 "대기평가과" 신설, "물환경연구부"에 "환경생태과" 신설, "동물위생시험소"의 "야생동물구조관리센터"를 "과" 직제로 확대
  • 2020. 04. 01. 보건환경연구원 직제 개편, "구월농산물검사소" 명칭변경 - 남촌농수산물검사소
  • 2020. 07. 20. 보건환경연구원 직제 개편, "질병연구부"에 "식중독예방과" 신설
  • 2020. 11. 09. 보건환경연구원 직제 개편, "질병연구부"에 "신종감염병과" 신설, "감염병진단과"를 "매개체감염병과"로 명칭변경
  • 2021. 01. 11. 보건환경연구원 직제 개편, "대기보전과" 명칭변경 - 산업환경과, "기후변화과" 명칭변경 - 기후대기과