1981~1997
- 1981. 07. 01. 인천직할시 보건연구소 설치
- 1987. 12. 31. 보건연구소 직제 개편 (1과 2부 5과)
- 1991. 05. 14. 보건환경연구원으로 명칭변경 및 직제 개편 (1과 2부 8과)
- 1993. 08. 05. 보건환경연구원 산하로 가축위생시험소 통합
- 1997. 01. 09. 보건환경연구원 직제 개편, "해양조사과" 직제 신설
2003~2007
- 2003. 04. 07. 보건환경연구원 직제 개편, "공단환경과" 직제 신설
- 2005. 07. 25. 보건환경연구원 직제 개편, "질병조사과" 직제 신설
- 2006. 02. 13. 보건환경연구원 직제 개편, "농산물검사소" 직제 신설
- 2007. 01. 29. 보건환경연구원 직제 개편, "생활환경과" 직제 신설
1913~2017
- 2013. 01. 08. 보건환경연구원 직제 개편, "강화방역지원과" 직제 신설
- 2013. 12. 12. 보건환경연구원 직제 개편, "환경연구부"를 "환경연구부"와 "환경평가부"로 분리
- 2015. 01. 01. 보건환경연구원 조직개편, 농산물 검사소를 삼산농산물검사소, 구월농산물검사소로 분리 증설, 기후변화과 및 정밀검사과 직제 신설
- 2017. 02. 06. 보건환경연구원 직제 개편, "보건연구부"를 "질병연구부"와 "식약연구부"로 분리, "가축질병방역부"를 "동물위생시험소"로 명칭 변경
- 2017. 02. 06. 보건환경연구원 조직개편, "환경연구부"를 "대기환경연구부"로, "환경평가부" 를 "물환경연구부"로 변경
2019~2026
- 2019. 02. 01. 보건환경연구원 직제 개편, "대기평가과", "환경생태과" 직제 신설, "야생동물구조관리센터"를 "과" 직제로 확대
- 2020. 07. 20. 보건환경연구원 직제 개편, "식중독예방과" 직제 신설
- 2020. 11. 09. 보건환경연구원 직제 개편, "신종감염병과" 직제 신설
- 2026. 01. 09. 보건환경연구원 직제 개편, "수산물검사소" 직제 신설
