보건환경연구원은 2018년 1월부터 큐열, 일본뇌염, 진드기 매개 뇌염(Tick-borne Encephalitis) 및 레지오넬라증을 확진한다. 현재는 질병관리본부에서 확진업무를 담당하고 있지만 내년부터는 보건환경연구원으로 진단업무가 이관된다. 진단기술 능력을 평가하는 정도평가 중 일본뇌염, 레지오넬라증은 이미 완료되었고, 큐열은 진행 중이며 진드기매개 뇌염은 앞으로 실시될 예정이다. 이들 감염병을 보건환경연구원에서 확진할 수 있게 됨에 따라 관내 보건소와 병원에서 의뢰하는 의심환자 검체에 대한 신속한 진단이 가능하게 되었다.