이허겸의 손자로 문과에 급제하고, 정조 초에 급사중(給事中)이라는 벼슬에 올랐다. 인천 이씨가 외척으로 등장하는 것은 이자연의 세 딸이 모두 문종비(文宗妃)가 된 까닭이다. 인예태후(仁睿太后), 인경현비(仁敬賢妃), 인절현비(仁節賢妃)가 그들로서 인예태후는 순종(順宗), 선종(宣宗), 숙종(肅宗)의 세 임금과 대각국사 의천(大覺國師義天) 외에 여섯 왕자와 두 궁주(宮主)를 낳았다. 둘째 딸인 인경현비는 세 왕자를 낳았으며, 셋째 딸인 인절현비는 소생이 없었다.
이때로부터 인천 이씨가 정권을 잡고 권세를 누렸으니, 이자연의 여덟 아들은 말할 것도 없고, 그의 아우인 이자상(李子祥)과 그의 손자들도 모두 높은 관직을 차지하여 외척으로서의 지위를 굳혔다. 또한 해주 최씨, 경주 김씨, 평산 박씨, 파평 윤씨, 강릉 김씨 같은 명문들과 인척을 맺어 큰 벌족 세력을 형성했다. 벼슬이 문하시중에 이르러 공신의 호를 받고 ‘개부의동삼사 태사 겸 중서령 감수국사 상주국 경원군 개국공(開府儀同三司太師兼中書令監修國史上柱國慶源郡開國公)’에 봉해졌다.