정기원은 어영대장과 훈련대장을 거쳐 고종 7년(1870)에 강화도진무사 겸 강화유수로 부임하였다. 이 때 강화 손돌목에 침입, 불법행위를 자행한 미국 함대의 처사에 강력히 항의하는 한편, 통상 제의를 거절하였다. 이에 무력을 앞세운 미국 함정이 광성진으로 쳐들어오자 중군 어재연(魚在淵) 등으로 군사를 독려 수비하게 하였다. 이 ‘신미양요(辛未洋擾)’ 이후 총융사(總戎使)를 거쳐 지삼군사(知三軍使)에 이르렀다. 시호는 ‘장숙(莊肅)’이다.