남궁훈은 강화 남산리에서 생장하였는데, 젊어서부터 사회 활동에 선봉이 되어 중추원(中樞院) 의관으로서 황성일보(皇城日報) 사장을 역임했으며, 한성부회 의원, 강화진위대 참령 등으로 다양하게 활동하였다. 독립운동가 이동휘(李東輝)와는 친숙하게 연계되었으며, 기호학회(畿湖學會) 총무로서 교육 진흥에 힘썼으며, 조선교육협회장으로도 많은 활약을 보였다.